Schaffhausen (nemško, francosko Schaffhouse, italijansko Sciaffusa, grško Probatopolis ali latinsko Scaphusun) je mesto z okoli 37.000 prebivalci v Švici in glavno mesto kantona Schaffhausen. Mesto se nahaja na najbolj severnem delu Švice, ob reki Ren, v bližini meje z Nemčijo. Je tudi eno od zgolj štirih švicarskih mest, ki se nahajajo severno od reke Ren, poleg Neuhausna am Rheinfall, zgodovinskega Neunkircha in srednjeveškega Steina am Rhein.
Kljub švicarski nevtralnosti je bilo na Schaffhausen med drugo svetovno vojno izvedeno 1. aprila 1944 dnevno bombardiranje s strani Vojnega letalstva ZDA (USAAF). Približno 50 bombnikov B-24 Liberator je namreč napačno identificiralo Schaffhausen kot svojo tarčo Ludwigshafen am Rhein blizu Mannheima v Nemčiji (približno 235 km severno od Schaffhausna) in na mesto odvrglo šestdeset ton bomb. Čeprav se je v Schaffhausnu oglasil alarm za zračni napad, so se v mestu pred tem sirene za zračni napad tolikokrat oglasile brez kakršnega koli napada, da alarm ni imel svojega učinka in se mnogi domačini niso uspeli pravočasno umakniti v zaklonišča. Med bombardiranjem je umrlo skupaj 40 ljudi in okoli 270 jih je bilo ranjenih, velik del mesta pa je bil uničen.
